Far Cry 6 diễn ra trên hòn đảo giả tưởng Yara thuộc vùng Caribbe, nơi được lấy cảm hứng từ Cuba và được mô tả là "sân chơi Far Cry lớn nhất cho đến nay" và "một thiên đường nhiệt đới bị đóng băng theo thời gian". Đảo quốc này nằm dưới sự cai trị của "El Presidente" Antón Castillo (Giancarlo Esposito), một nhà độc tài phát xít có toàn quyền kiểm soát hòn đảo. Castillo đang dẫn dắt con trai mình là Diego (Anthony Gonzalez), không chắc chắn về tương lai của mình, đi theo bước chân của hắn.[2] Esposito mô tả nhân vật này là một nhà lãnh đạo "cố gắng trao quyền cho người dân hiểu rằng họ cần sự lãnh đạo mạnh mẽ ngay bây giờ", nhưng lại bị mắc kẹt giữa một cuộc cách mạng.[3] Esposito nói thêm "Cha của anh ấy là một nhà độc tài trước mình và anh ấy muốn trao quyền cho người dân để lấy lại đất nước của họ. Mục tiêu của anh ấy là sử dụng các nguồn lực mà họ có trong đất nước để tồn tại mà không cho phép người ngoài vào cuộc và kết nạp các nhà khoa học, tài sản trí tuệ của họ, tất cả những thứ này".[4] Esposito tiếp tục rằng Antón đang "cố gắng trao quyền cho con trai mình để tiếp nhận lớp áo của mình và thực sự nắm lấy những ý tưởng cho phép anh ta thấy rằng anh ta có thể sớm trở thành nhà lãnh đạo tiếp theo ở đất nước này".[3]

Người chơi sẽ vào vai cư dân người Yara địa phương tên là Dani Rojas, một người lính du kích chiến đấu vì tự do, người đang cố gắng khôi phục lại quốc gia của họ trở lại vinh quang trước đây; người chơi có thể chọn giới tính của Dani khi khởi đầu trò chơi.[1]